1999年，中央工藝美術學院并入清華大學，成為清華大學美術學院。

　　2003年，401醫院和402醫院并入清華大學成為附屬醫院(華信醫院和玉泉醫院)。

　　北京大學

　　2000年，北京大學與原北京醫科大學合并，組建了新的北京大學。

　　對外經濟貿易大學

　　1983年，國際經濟管理學院與北京對外經濟貿易學院(現名“對外經濟貿易大學”)合并。2000年，原中國金融學院與原對外經濟貿易大學合并成立新的對外經濟貿易大學。

　　中央財經大學

　　1998年，中央財政管理干部學院重新并入中央財經大學。

　　北京交通大學

　　2000年，北京電力高等�？茖W校被并入北方交通大學。

　　2003年，北方交通大學更名為北京交通大學。

　　南開大學

　　1994年，天津對外貿易學院并入南開大學。

　　2010年，中國旅游管理干部學院整建制劃轉南開大學，南開大學旅游與服務學院成立。

　　東北大學

　　1995年，沈陽黃金學院并入東北大學。

　　吉林大學

　　2000年，原吉林大學、吉林工業大學、白求恩醫科大學、長春科技大學、長春郵電學院合并組建了新的吉林大學。

　　2004年，原中國人民解放軍軍需大學并入吉林大學。

　　復旦大學

　　2000年，上海醫科大學與復旦大學合并，成立新的復旦大學。

　　同濟大學

　　1996年，原上海建材工業學院和上海城建學院并入同濟大學。

　　2000年，原上海鐵道大學與同濟大學合并組建新的同濟大學。

　　上海交通大學

　　1999年，上海農學院并入上海交通大學。

　　2005年，上海第二醫科大學并入上海交通大學。

　　江南大學

　　2001年，無錫輕工大學、江南學院、無錫教育學院合并組建成江南大學。

　　2003年，原東華大學無錫校區整體并入江南大學。

　　浙江大學

　　1998年，原浙江大學、杭州大學、浙江農業大學和浙江醫科大學四校實現合并，組建了新浙江大學。

　　山東大學

　　2000年，原山東大學、原山東醫科大學、原山東工業大學合并組建成新的山東大學。

　　武漢大學

　　2000年，武漢大學、武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學、湖北醫科大學合并成組建成新的武漢大學。

　　華中科技大學

　　2000年，原同濟醫科大學、武漢城市建設學院與華中理工大學合并，組建成華中科技大學。

　　武漢理工大學

　　2000年，武漢工業大學、武漢交通科技大學、武漢汽車工業大學三校合并組建成武漢理工大學。

　　湖南大學

　　2000年，湖南財經學院并入湖南大學。

　　2002年，湖南計算機高等�？茖W校并入湖南大學。

　　中南大學

　　2000年，中南工業大學、湖南醫科大學和長沙鐵道學院合并組建成中南大學。

　　中山大學

　　2001年，原中山大學和中山醫科大學合并組建新的中山大學。

　　華南理工大學

　　1978年，華南工學院和廣東化工學院合并成立華南工學院。

　　1988年，華南工學院更名為華南理工大學。

　　重慶大學

　　2000年，重慶大學、重慶建筑大學、重慶建筑高等�？茖W校合并組建成新的重慶大學。

　　四川大學

　　1994年，原四川大學和成都科技大學合并，成立四川聯合大學。 1998年，四川聯合大學再度更名為四川大學。

　　2000年，華西醫科大學并入四川大學。

　　西安交通大學

　　2000年，西安醫科大學、陜西財經學院并入西安交通大學。

　　長安大學

　　2000年，西安公路交通大學、西安工程學院和西北建筑工程學院三校合并組建成長安大學。

　　蘭州大學

　　2002年，甘肅省草原生態研究所并入蘭州大學。

　　2004年，蘭州醫學院重新并入蘭州大學。