在北大附屬實驗學校發展的大好環境下，中學部經過不斷的努力，在課堂改革、課程改革等教育教學實踐方面，也取得了新的突破。

　　課堂改革方面，中學部深入開展了“合作學習課堂模式”研究。以“預習、展示、反饋”三大模塊作為課堂自主學習模式的主體，主張教師在教學中堅持“相信學生、依靠學生、解放學生、發展學生”，強化小組合作學習，讓學生在參與中快樂學習，在展示中學會學習，體現“以生為本”的新型教育思想。課堂改革的主力在教師，教師的有效教學行為體現在基于學生自主性學習的教學設計與教學實施上。北大附屬實驗學校中學部教師堅持在先期學情分析的基礎上，在教學中創設合適的問題情境，靈活選擇、合理應用有效的教學行為，引領學生進行“團隊互助”、“小組合作”等學習方式，充分引導、挖掘學生自主學習的潛力，養成自主學習的習慣，指導學生的學習策略，構建“師生快樂成長的生命課堂”。通過課堂教學實踐研究，提高了課堂教學和教學管理的效率，促進了教師的教學觀和學生學習觀的轉變，促進了辦學水平的提升。

　　課程改革方面，學校加大了校本課程開發建設的力度，中學部探索實施了“二•四學制”改革。在完成國家規定的課程外，我們著力構建了藝術特色和形式多樣的校本課程，滿足了家長對優質教育資源的需求。同時，為充分體現因材施教和不均衡培養的靈活優勢，我們針對部分學有余力學生的實際，探索實施了“二•四學制”改革。根據《國務院關于基礎教育改革與發展的決定》和《基礎教育課程改革綱要(試行)》的精神，把中學六年重新劃分為“二•四學制”。初中兩年完成原三年的課程教學任務，夯實雙基，培養學生良好的學習習慣，注重學科學習方法的積淀和學科素養的培養，從第三年開始進入高中階段，對于不能適應的學生仍按“三•三學制”。

　　培養學生的過程中，中學部注重遵循學生成長的規律開展實施符合學生發展實際的教學實踐。首先，有目標有意識地在各個年級段確定了不同的工作重點：初一年級的工作重點是高標準要求，明確奮斗目標，培養并強化學生的實驗角色意識，實現高起點;初二年級的工作重點是注重對學生學習方法的指導，加強學生自主學習、有一定水平的質疑能力以及學習方法的指導與培養。其次，營造濃厚的學習氛圍，針對不同層次的學生實施分類指導，制定適當的指導策略，通過加強競賽等活動，鼓勵更多的學生在各方面嶄露頭角。第三，改革教學內容，對主要學科的教學內容重新整合：實行語文、數學、英語工具學科重心下移，物理、化學重心上移，改革歷史、政治、生物、地理等學科的課程模式，增加國學課、電影課、圍棋課、書法課、武術課、新聞評說課、外教口語課、隨筆寫作課等校本課程。

　　在教學改革不斷創新的背景下，中學部取得了突出的成績。在培優方面，學校參加全國中學生物理、數學、語文、生物、化學等學科競賽中分別榮獲一等獎23人次、二等獎19人次、三等獎23人次。自2004年以來，先后有馮明、金志洙、田玉子、李穎恩、楊德仁等同學考入北京大學。目前，藝術教育已成為學校特色教育的突出亮點。在國家、市區各級美術書法競賽中，學校共有200多件作品榮獲一等獎，300多件榮獲二等獎。歷屆高三美術班的學生參加美術聯考，通過率都達到100%。2011年10月，在北京市第十四屆學生藝術節校園集體舞展示比賽中，中學部代表隊選送的集體舞《青春旋律》《歡樂吉祥》一舉奪得最佳編舞獎、最佳表演獎(即一等獎)。2012年4月，在北京市豐臺區第十五屆學生藝術節集體項目展演中，中學部代表隊選送的班隊合唱《天籟之愛》《洗衣歌》榮獲初中組一等獎(市級)。 2013年5月，在北京市第十六屆學生藝術節中，榮獲校園集體舞展演一等獎。2013年12月，在豐臺區第十六屆學生藝術節中，中學部代表隊獲先進集體獎。

　　學校2013年初三參加北京中考和玉樹中考的成績揭曉，主要表現為尖子生成績突出、中等生成績穩定、單科尖子生大量涌現，實現了大面積豐收。

　　學校有83人參加北京中考，尖子生成績突出：姬學銅和劉淵分別考取了538分和533分的好成績，達到2013年北京市重點示范校在豐臺區錄取的最低分數線;490分至531分之間有36人，超過2013年北京市示范校在豐臺區錄取的最低分數線。中等生成績喜人，442至489分之間有20人。單科尖子生大量涌現：語文優秀分102分(滿分120分)以上48人，數學優秀分102分(滿分120分)以上15人，英語優秀分102分(滿分120分)以上39人，物理優秀分85分(滿分100分)以上10人，化學優秀分68分(滿分80分)以上35人，劉淵獲得化學單科滿分。(以上成績都不含加分)

　　學校有111名玉樹生(災區在京就讀的捐助生)參加玉樹州中考，尖子生成績突出：在玉樹州全體英語考生中考成績前10名中學校占7名，伊西求藏為530分、仁增文索為510分、江永卓瑪為508分、永清才措為508分、索南美朵為486分、央尕措毛為476分、桑周措毛為476分;在全州前40名中學校占33名。中等生成績喜人：按照北京市教委對口援建玉樹的相關政策，學校初三玉樹生有102人超過錄取分數線。